Der Bayerische Ganztagsschulkongress fand bis 2018 im zweijährigen Rhythmus in Forchheim am Herder-Gymnasium statt. Für Konzeption und Organisation ist eine Arbeitsgruppe verantwortlich bestehend aus dem Staatlichen Schulamt Forchheim, der Akademie für Ganztagspädagogik e.V. (AfG), dem Verein FOrsprung e.V. und dem Bildungsbüro im Landkreis Forchheim.
Seit einigen Jahren ist zudem das Staatsinstitut für Schulqualität und Bildungsforschung München (isb) an der Planung und Durchführung beteiligt.